Во вторичном периоде в специфический процесс могут оказаться вовлеченными практически все органы и системы, хотя это бывает не часто. В основном поражаются кости и суставы, ЦНС и некоторые внутренние органы. Периостит встречается у 5% больных в виде диффузных утолщений, проявляясь болезненными тестоватыми припухлостями и ночными болями в костях. Наиболее часто поражаются кости черепа и большеберцовые. Поражение суставов обычно протекает по типу полиартритического синовита с образованием выпота в суставной полости. Сустав представляется отечным, увеличенным в объеме, болезненным при надавливании. Очень характерны появление болей в суставе при попытке к движению и исчезновение их во время движения. Наиболее часты специфические висцериты вторичного периода: сифилитический гепатит (увеличение и болезненность печени, повышение температуры тела, желтуха), гастрит, нефрозо-нефрит, миокардит. Сифилитические висцериты быстро проходят после специфического лечения. При неврологическом обследовании с анализом цереброспинальной жидкости обнаруживают сифилитический менингит (нередко асимптомный), иногда осложняющийся гидроцефалией, а также сифилис сосудов мозга (менинговаскулярный сифилис), реже - сифилитические невриты, полиневриты, невралгии. Положительная реакция Вассермана при вторичном свежем сифилисе наблюдается в 100% случаев, при вторичном рецидивном - в 98-100%.

Если больной не лечился, то через несколько лет после заражения у него может наступить третичный период. У некоторых больных по завершении вторичной стадии навсегда исчезают какие бы то ни было симптомы. Однако у других они, оставаясь скрытыми на протяжении 1–20 лет, возобновляются. В течение скрытого (латентного) периода трепонемы разносятся кровью и попадают в различные ткани организма. Поражение этих тканей приводит к тяжелым последствиям, характерным для третичной (поздней) стадии сифилиса.

Третичный сифилис наступает через 5-10 лет представляет собой медленно прогрессирующий воспалительный процесс у взрослых, который может развиваться в любом органе. Эта стадия заболевания выражается формированием узлов (гумм) и развитием сердечно-сосудистых нарушений, болезней почек, печени, легких и т.д. Чаще всего поражаются аорта и сердце. Уже на ранних стадиях заболевания могут развиваться сифилитический менингит, менингоэнцефалит, резкое повышение внутричерепного давления, инсульты с полными или частичными параличами и т.д. III стадия сифилиса. На коже появляются одиночные крупные узлы размерами до грецкого ореха или даже куриного яйца (гуммы) и более мелкие (бугорки), расположенные, как правило, группами. Гумма постепенно растет, кожа становится синюшно-красной, потом из центра ее начинает выделяться тягучая жидкость и образуется длительно не заживающая язва с характерным желтоватым дном "сального" вида. Гуммозные язвы отличаются длительным существованием, затягивающимся на многие месяцы и даже годы. Рубцы после их заживления остаются на всю жизнь, и по их типичному звездчатому виду можно спустя длительное время понять, что у этого человека был сифилис. Бугорки и гуммы чаще всего располагаются на коже передней поверхности голеней, в области лопаток, предплечий и т.д. Одно из частых мест третичных поражений слизистая оболочка мягкого и твердого неба. Изъязвления здесь могут доходить до кости и разрушать костную ткань, мягкое небо, сморщиваться рубцами, либо образуют отверстия, ведущие из полости рта в полость носа, отчего голос приобретает типичную гнусавость. Если гуммы располагаются на лице, то они могут разрушить кости носа, и он "проваливается". На всех стадиях сифилиса могут поражаться внутренние органы и нервная система. В первые годы болезни у части больных обнаруживаются сифилитические гепатиты (поражения печени) и проявления "скрытого" менингита. При лечении они быстро проходят. Значительно реже, через 5 и более лет, в этих органах иногда образуются уплотнения либо гуммы, подобные возникающим на коже.